經濟部水利署表示，金門地區自來水紅蟲事件落幕，為改善此現象，已著手研提短、中、長期策略，作為金門縣政府未來解決相關問題的執行方案。
　根據經濟部水利署指出，離島地區受限於地理環境條件，只要降雨不足或遇乾旱期，水庫水質優養化現象非常普遍；根據行政院環境保護署九十九年監測資料，金門地區十二座湖庫水質均呈現優養狀態。
　為改善此現象，經濟部水利署指出，已著手研提短、中、長期策略；短期策略方面，由於九月下旬金門東半島發生自來水「紅蟲」事件，水利署與金門縣政府共同合作解決問題的經驗，彌足珍貴，未來將繼續採行下述方案。
　首先，一旦發生水質異常緊急事件，水利署將適時成立專案小組，赴金門協助縣政府進行緊急處置。另外，即時改善淨水處理流程，例如重新啟用太湖淨水場沉澱池，強化前處理階段藻類、總有機碳、鐵錳離子去除效能。
　再者，淨水場慢濾池增設快濾桶，解決慢濾池出水水質中鐵猛離子及氨氮釋出問題。也將在榮湖淨水場施作後段高級處理單元，將淨水場出水再引入三道高級處理單元淨化，預定一百年十一月完工運轉，可提升金沙地區供水品質。
　中期策略則包括研修「離島地區供水改善計畫」，協助金門縣政府辦理海水淡化廠興建（BTO或購水），產水能力將達每日四千噸；協助金門縣政府提升自來水水質改善技術、操作技能及研提「金門地區水庫集水區保育實施計畫」，爭取相關預算辦理水庫集水區保育及治理等相關工作。
　最後的長期策略上，水利署將協助金門縣政府推動營山高級淨水場興建計畫（金門自來水擴建計畫第一期），以因應民國一百一十年用水需求，提供每日五萬噸自來水使用；長期供水策略仍以增供海水淡化廠及改善湖庫水質為優先，並適時推動擴充海水淡化廠等方案。